האתר החדש של רשות העתיקות עלה לאוויר במהלך חודש דצמבר 2012. באתר סריקות של מרבית כתבי היד ממדבר יהודה. רוב הסריקות נעשו במיוחד עבור האתר, בטכנולוגיית צילום חדשנית המשפרת את חדות הצילום והקריאוּת שלו. (חלק מן המגילות צולמו גם בתאורה אינפרה-אדומה שמאפשרת פענוח הכתב באזורים שבהם הקלף השחיר.) גם צילומי PAM (צילומי המגילות שנעשו בשנות ה-60 במוזאון רוקפלר) נסרקו מחדש עבור האתר, והם מופיעים בו באיכות גבוהה מזו שבצילומים שהודפסו בספרות (בסדרת DJD ובמקומות אחרים).
לגישה לעיקר החומר בחרו תחילה ב"הספרייה המקוונת". בחלון הבא ניתן למצוא את החומר הרצוי לפי האתר שבו נמצאה המגילה (המערה או הנחל), לפי שפת הכתיבה או לפי הסוגה והתוכן. ניתן גם לרשום בחלונית החיפוש את מספר ה-Q של המגילה או את שם החיבור.